Desde 1918 que a Rua do Instituto Bacteriológico homenageia o instituto nascido em 1892 no Hospital de São José, por iniciativa do médico Luís da Câmara Pestana.
O topónimo Rua do Instituto Bacteriológico, nasceu em resultado da publicação do Edital de 13 de agosto de 1918, sobre a Rua do Convento de Santana, topónimo que por seu vez, viera substituir a Rua do Convento das Freiras de Santana.
O Instituto Bacteriológico de Lisboa foi criado por Luís da Câmara Pestana (Funchal/1863 – 1899/Lisboa), numa enfermaria do Hospital de S. José, em 1892, para combater um surto de febre tifóide em Lisboa e arredores, situação formalizada por decreto de 29 de dezembro desse ano, ou seja, apenas 4 anos após a criação do Instituto Pasteur de Paris, o de referência na matéria, e no ano imediatamente seguinte aos congéneres de Berlim (Instituto Robert Koch) e Londres (Instituto Lister). Em 1895 passou a designar-se como Real Instituto Bacteriológico de Lisboa e a partir de 1899 mudou-se para o edifício da Rua Câmara Pestana, obra dos arquitetos Pedro Romano Folque e Joaquim Pedro Xavier da Silva, edificada sobre as ruínas do Convento e Ermida de Sant’Ana e sendo o primeiro exemplar português da arquitectura hospitalar e laboratorial de investigação construído de raiz, denominando-se a partir daí Instituto Câmara Pestana, em homenagem ao seu fundador, falecido nesse mesmo ano, por proposta dos estudantes da Escola Médico-Cirúrgica de Lisboa. Em 1911, o Instituto foi incorporado na Universidade de Lisboa, agregado à Faculdade de Medicina de Lisboa.
O Instituto foi uma instituição de investigação biomédica, com intervenção no campo da saúde pública, por exemplo, nos domínios da difteria, microbiologia clínica ou verificação de produtos biológicos, tendo sido o laboratório nacional produtor da vacina contra a tuberculose, assim como pela vacina antirrábica. A partir de 2008 a maior parte do edifício da Instituto Bacteriológico foi entregue à Universidade Nova de Lisboa que aí instalou um centro de investigação biomédica e as principais atividades do Instituto Bacteriológico Câmara Pestana passaram para o campus do Hospital de Santa Maria.