O topónimo Rua da Academia das Ciências foi atribuído pela Câmara Municipal de Lisboa, por Edital de 17/10/1924, à antiga Rua do Arco a Jesus, para homenagear a instituição fundada com a aprovação dos seus estatutos pela rainha D. Maria I em 24/12/1779, e desde 1834 sediada nesta artéria, ocupando o edifício do Convento de Jesus da Ordem Terceira de São Francisco, que havia sido cedido à Academia por decreto de 27 de outubro desse ano. Sublinhe-se que se manteve na proximidade o topónimo Travessa do Arco a Jesus.
A instituição científica foi inicialmente denominada Academia Real das Ciências de Lisboa e surgiu por iniciativa do 2.º Duque de Lafões, D. João Carlos de Bragança e Sousa Tavares Mascarenhas da Silva e Ligne, com o apoio do Abade Correia da Serra e o Prof. Domingos Vandelli, ambos opositores da política do Marquês de Pombal. Teve a sua primeira sede no Paço das Necessidades e depois, num palácio do Poço Novo, no Palácio do Monteiro-Mor na Calçada do Combro, noutro edifício do Largo do Calhariz, no Colégio dos Monges Beneditinos na Praça da Estrela (1823- 1832) e no Palácio do Conde de Lumiares no Passeio Público.
Refira-se ainda que a toponímia de Lisboa integra também alguns dos Presidentes da Academia de Ciências de Lisboa, a saber, o 2º Duque de Lafões (Calçada do Duque de Lafões), D. Pedro V (Rua), D. Luís I (Praça e Rua), D. Carlos I (Avenida e Esplanada), Lopes de Mendonça (Rua), Braamcamp Freire (Rua), Cândido de Figueiredo (Rua), Dr. Júlio Dantas (Rua), José Maria Rodrigues (Rua), Professor Egas Moniz (Avenida), Aquiles Machado (Rua), Azevedo Neves (Rua), Professor Reinaldo dos Santos (Rua), Prof. Moisés Amzalak (Rua), Prof. Almeida Lima (Rua), Prof. Prado Coelho (Rua) e Professor Pinto Peixoto (Rua).
Ativa desde 1780, ano da realização da sua primeira sessão, com a implantação da República em 1910, passou novamente a denominar-se Academia das Ciências de Lisboa, designação que ainda mantém, deixando cair o título de “Real” conferido em 1783 ao ser reconhecida de “utilidade pública” e passando a ter proteção régia e outros privilégios associados a este novo estatuto. Desde o seu início que esta instituição, formada à semelhança de outras congéneres europeias e, por isso, também por influência do pensamento iluminista, adotou como lema uma citação de Fedro: “Se não for útil o que fizermos a glória será vã”.
Assim, a Academia, estimulando o contacto direto entre os cientistas, pretendia contribuir para aprofundar, desenvolver e divulgar o conhecimento nas áreas das Ciências, Humanidades, Tecnologia e Economia contribuindo deste modo para o desenvolvimento cultural e económico do país com particular incidência no domínio da educação. Organizando-se em três Classes (Ciências de Observação, Ciências de Cálculo e Belas Letras), promoveu congressos, colóquios, eventos com o envolvimento da comunidade científica internacional, criou prémios e editou obras de carácter científico e outras, como a Portugaliae Monumenta Historica, uma coletânea de textos da história de Portugal, publicadas entre 1856 e 1917, sendo os três primeiros volumes dirigidos por Alexandre Herculano, sócio efetivo da Academia desde 1852.
Superando os constrangimentos ao desenvolvimento dos seus projetos de investigação, divulgação e ensino, nomeadamente devido à indefinição das suas instalações e à conjuntura económica e política do país (invasões francesas, 1807-1811; implantação da República), a Academia de Ciências de Lisboa, manteve a sua atividade a partir de 1852 em torno de duas Classes – Ciências e Letras – em torno das quais continua atualmente a desenvolver o seu profícuo trabalho nos domínios científico e das letras.
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